Строительство этой красивейшей из религиозных достопримечательностей Краснодара началось в 1899 году. Оно велось по проекту известного архитектора Ивана Мальгерба. Внутреннюю роспись храма выполнил художник Н. М. Сафонов (школа В. М. Васнецова), за что ему было пожаловано звание почетного потомственного гражданина города. Открытие собора состоялось в 1910 году, причем для жителей окрестностей он стал и духовным, и просветительским центром. В 1934 году, в период гонений на церковь, храм закрыли. Помещение превратили в склад и засолочную базу. Внутренние росписи замазали краской. Вновь собор был открыт в 1944 году, а в 1 июня 1961 года - закрыт вторично. В 1988 году началась реставрация святыни, после которой храм обрел свой первоначальный вид. Окончательно собор вернулся к верующим 14 января 1990 года, когда были возобновлены богослужения.